入门指南 | 三分钟了解KASP基因分型技术实验 - - 实验与分析 -

入门指南 | 三分钟了解KASP基因分型技术实验

赵桂芝 0 2022-01-06

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随着进入后基因组时代，第三代分子标记应运而生，目前，SNP（单核苷酸多态性）已成为当下热门研究课题之一，其应用非常广泛。农业领域，能够进行性状基因的精细定位、分子辅助育种、种子资源鉴定等；在医学领域，可进行疾病的分子遗传机制研究、疾病基因定位、药物敏感或疾病易感性位点筛选等。

随着进入后基因组时代，第三代分子标记应运而生，目前，SNP（单核苷酸多态性）已成为当下热门研究课题之一，其应用非常广泛。农业领域，能够进行性状基因的精细定位、分子辅助育种、种子资源鉴定等；在医学领域，可进行疾病的分子遗传机制研究、疾病基因定位、药物敏感或疾病易感性位点筛选等。

针对SNP基因分型，KASP技术自面世以来，以其超高的灵活性、准确度和性价比迅速抢占市场，被业内称为“基因分型研究者指尖跳跃的珠链”。如何采取KASP进行基因分型，一起来看看吧！

什么是KASP 技术？

KASP™ 是指竞争性等位基因特异性PCR (Kompetitive Allele Specific PCR)，可对广泛的基因组DNA 样品，包括复杂基因组DNA 样品，对目标SNPs 和特定位点上的InDels 进行精准的双等位基因分型。

KASP技术不需要针对每个SNP位点都去合成特异的荧光引物，它基于自己独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，这大大降低了LGC KASP的试剂成本，既有金标准的准确，又降低了使用成本，比Taqman还具有更好的位点适应性，所以在医学、农学检测方面LGC KASP都有非常好的应用。

KASP 技术的特点：

· 超高的准确度和转化率

· 前所未有的低成本

· 简单快捷的结果分析

KASP 准备工作

一般来说，在订购KASP Assay mix 时有两种选择：

KASP-by-Design (KBD)：引物由专业的软件设计，未经验证

KASP-on-Demond (KOD)：经过LGC基因分型优化与验证

需要根据的荧光读取仪选择最合适的KASP Master mix。

* 提示：Master mix根据仪器的不同配置相应浓度的ROX，其他组分一样。

当收到KASP Assay mix 和Master mix 后，解冻后进行涡旋振荡。

*提示：KASP Master mix 应该分装储存，避免反复冻融。

进行DNA 样品的制备和稀释，以保证每个反应有和其基因组大小相应的DNA 量。

KASP 试验步骤

Step 1. 将DNA 样品分装到PCR 板上

将DNA 样品加到96 孔或384 孔PCR 板上，每块PCR 板

或每次试验，建议上均需加2 个及以上的阴性对照(NTC)。

小编建议：尽量避免使用8 连管或单体管进行KASP 反应，DNA 样品尽量在20 个以上。

Step 2. 配制KASP 基因分型混合液

参照下表，分别配制反应所需的混合液。

*提示：所有试剂使用前均应短暂地涡旋振荡，配制时需要加上损失的体积，保证配制足够的基因分型混合液。

Step 3. 将KASP 基因分型混合液加到已含DNA 模板的PCR 板上

使用移液枪或微量分液仪，将所需的Step2 中的基因分型混合液加入PCR 板中。

Step 4. 将反应板密封后离心

用荧光透视的膜将PCR 板密封，然后离心。

Step 5. 进行PCR 循环反应

KASP 反应可以在常规的PCR 仪上进行，程序设置如下：

Step 6. 荧光数据读取和分析

PCR 反应结束后，使用您的qPCR 仪或者带有FRET功能的酶标仪进行荧光数据读取。

*提示：KASP 分型的数据读取均应在40℃以下进行。

具体的荧光读取方法，请参考对应的仪器手册。

Step 7. 加循环

若您的数据对应的荧光信号较低，分群较散，您可以增加循环后进行荧光读取，建议根据试验结果来决定增加的循环数，同时保证NTC 没有被扩增。程序设置如下：

责任编辑：展源

审　　核：何发

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